Le professeur du Département d’informatique Abdoulaye Baniré Diallo et son équipe figurent parmi les six projets de recherche retenus par Génome Québec pour l’obtention d’un financement majeur dans le cadre du programme «Solutions génomiques pour l’identification, la caractérisation et la surveillance de la résistance aux antimicrobiens et des pathogènes émergents». Génome Québec en a fait l’annonce, ce 20 novembre, à l’occasion de la Semaine mondiale de la sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens.
Le projet mené par Abdoulaye Baniré Diallo en partenariat avec Soren Gantt, pédiatre infectiologue et directeur de la recherche clinique au CHU Sainte-Justine, s’intitule «Développement et application de nouveaux outils d’apprentissage automatique pour lutter contre les pandémies virales actuelles et futures». Il bénéficiera d’un soutien financier de 600 000 dollars de Génome Québec, de la Fondation du CHU Sainte-Justine et du Centre d’excellence en recherche sur les maladies orphelines – Fondation Courtois (CERMO-FC).
«Les virus pandémiques constituent une menace existentielle pour les populations humaines. Il est essentiel de comprendre les déterminants de la transmission virale et de la protection immunitaire pour être en mesure de répondre à de telles menaces», observe Abdoulaye Baniré Diallo.
Ces dernières années, l’intelligence artificielle et les approches comme l’apprentissage machine sont devenues des outils puissants en virologie, tirant parti du séquençage de nouvelle génération et d’autres innovations méthodologiques pour comprendre la pathogenèse et la transmission virales.
S’appuyant sur les travaux antérieurs qui ont permis de caractériser la diversité du SARS-CoV-2, l’équipe concentrera son expertise sur le décryptage de la pathogenèse et des modèles de transmission du cytomégalovirus humain (CMV), précise Abdoulaye Baniré Diallo. «L’importance du CMV ne peut être sous-estimée, car il s’agit d’un virus répandu mais peu étudié, responsable d’infections congénitales et de handicaps infantiles à travers le monde», précise-t-il.
Leurs travaux visent à éclairer l’hétérogénéité génétique du CMV. «L’équipe a développé des outils novateurs d’apprentissage automatique parfaitement adaptés pour décoder les subtilités de la composition génomique du CMV, souligne le chercheur. De plus, nous avons élaboré un test “CMV-Scan” capable de fournir une vue des anticorps spécifiques des variants viraux pour élucider la dynamique de réinfection du CMV.»
Farzaneh Ramdani, professionnel de recherche et responsable bio-informatique au CERMO-FC, fournira les outils conçus à plusieurs utilisateurs et utilisatrices au sein des communautés du CERMO-FC et de Sainte-Justine.